El objetivo principal de Flower es despertar emociones positivas en el jugador, en lugar de ser un juego desafiante y "divertido". Este enfoque fue generado por Chen, quien sintió que el propósito principal de los productos de entretenimiento como los videojuegos eran los sentimientos que evocaban en la audiencia y que el rango emocional de la mayoría de los juegos era muy limitado.

Flower se divide en seis niveles principales y un nivel de créditos. Cada nivel está representado por una flor en una maceta en el alféizar de un apartamento de la ciudad, y al seleccionar una, el jugador es llevado al "sueño" de esa flor. Una vez dentro de un nivel, el jugador controla el viento mientras sopla un solo pétalo de flores a través del aire. Los cambios en el tono y el balanceo del pétalo flotante se realizan inclinando el controlador de PlayStation 3.